filmov
tv
Анализ транскриптома немодельного объекта (рожь, Secale cereale) для начинающих. Семинар 2.
Показать описание
Семинар о подготовке к получению последовательности (сиквенса) транскриптома немодельного объекта (ржи) и его анализа.
Темы второго семинара:
1. Ошибки секвенирования, необходимость и методы их исправления
2. FastQC, оценка качества прочтений
3. FastQC, оценка качества тайлов
4. FastQC, оценка соотношения GC/AT по циклам
5. FastQC, оценка соотношения GC/AT для поиска контаминаций
6. Повторяющиеся последовательности (poly-A, poly-T, poly-G, адаптеры)
7. Использование Trimmomatic для удаления низкокачественных прочтений
8. Контаминация другими биологическими объектами. Использование MCSC_Decontamination.
Темы второго семинара:
1. Ошибки секвенирования, необходимость и методы их исправления
2. FastQC, оценка качества прочтений
3. FastQC, оценка качества тайлов
4. FastQC, оценка соотношения GC/AT по циклам
5. FastQC, оценка соотношения GC/AT для поиска контаминаций
6. Повторяющиеся последовательности (poly-A, poly-T, poly-G, адаптеры)
7. Использование Trimmomatic для удаления низкокачественных прочтений
8. Контаминация другими биологическими объектами. Использование MCSC_Decontamination.
1:24:43
1:07:35
1:26:30
0:10:18
0:17:58
0:55:56
0:31:35
0:00:05
0:56:50
1:21:36
0:00:29
0:00:20
0:46:04
0:00:13
1:55:30
0:56:00