Анализ транскриптома немодельного объекта (рожь, Secale cereale) для начинающих. Семинар 1.

Семинар о подготовке к получению последовательности (сиквенса) транскриптома немодельного объекта (ржи) и его анализа.
Темы первого семинара:
1. Плюсы и минусы работы с транскриптомом
2. Какие биологические задачи могут быть решены
3. Варианты подготовки исходного материала (тотальная, рибо-, поли-А, рибосомальный профайлинг)
4. Выделение РНК из материала, стадии развития, ткани
5. Особенности хранения, оценка качества, RIN (RNA integrity index)
6. Биологическая и техническая контаминация образца
7. Платформы для секвенирования и варианты секвенирования (одноконцевое, парноконцевое, цепь-специфичное)
8. Оценка качества библиотеки
9. Оценка качества сырых данных
10. Необходимое количество прочтений, необходимое количество биологических посторностей
11. Обзор конвейра (pipeline) обработки, который будет рассматриваться на следующем семинаре