ΒΙΟΛ-315. Κεφ 4: Ταχείες Αναζητήσεις Ομοιότητας με το BLAST

Οι προσεγγίσεις στοίχισεις δουλεύουν αρκετά αποτελεσματικά όταν συγκρίνουμε δύο ή μικρό αριθμό αλληλουχιών μεταξύ τους. Ωστόσο, πολύ συχνά μας ενδιαφέρει να εντοπίσουμε ομοιότητες μεταξύ μιας αλληλουχίας-στόχου που διαθέτουμε με αλληλουχίες που δεν γνωρίζουμε και που περιέχονται σε βάσεις δεδομένων πολύ μεγάλου όγκου.
Επιθυμούμε δηλαδή να εντοπίσουμε αλληλουχίες με ένα δεδομένο βαθμό ομοιότητας με τη δική μας, μεταξύ εκατομμυρίων ή εκατοντάδων εκατομμυρίων αλληλουχίων.
Οι προσεγγίσεις στοίχισης είναι πρακτικά αδύνατον να μας βοηθήσουν σε αυτήν την περίπτωση, οπότε επιστρατεύουμε διαδικασίες με ριζικά διαφορετικά χαρακτηριστικά, που ονομάζονται "ταχείς αναζητήσεις" (rapid sequence searches).
Μια τέτοια είναι το BLAST που περιγράφεται σε αυτό το video.