Simulação de Modelos Simplificados

- Fundamentos de simulações de dinâmica molecular utilizando modelos simplificados (coarse-grained).
- Teoria da Superfície de Energia (Energy Landscape Theory).
- Modelo baseado na estrutura (Structure-based Models).
- Instação dos softwares e pacotes pré-quesitos para realizar as simulações:
*SMOG (Structure-based Models in Gromacs (e outros MD softwares))
*WHAM (Weighted Histogram Analysis Method) em Python ou Java.
- Tutorial utilizando as proteína CI2 (Chymotrypsin Inhibitor 2), SH3 e proteína A.
- Análise da probabilidade de formação de contatos e da difusão.

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