filmov
tv
Семинар 2. Поиск тандемных повторов, Ахо-Корасик (Алгоритмы и структуры данных, часть 2, весна 2018)

Показать описание
Тандемные повторы (ТП). Поиск подстрок такого вида. Тривиальное решение за O(N^3). Ответ в сжатом виде. Поиск подстрок-ТП. Метод разделяй и властвуй. Пересекающие середину ТП = центр либо слева(*), либо справа, либо ровно посередине. Перебор длины ТП и условия на наличие ТП (через LCP). Определение LCP через Z-функции. Пакет ТП (размера O(N)). Общее время работы O(N log N).
Автомат Ахо-Корасик. Обработка символа за O(1) в худшем случае. Предподсчёт переходов из каждой вершины бора по каждому символу. Вычисление в порядке обхода в ширину за O(С * sum Pi). X[v] - Множество найденных образцов при попадании в вершину бора v. Предподсчёт размеров |X[v]|. Общее время работы алгоритма Ахо-Корасик O(sum Pi + T) с выдачей вхождений в сжатом виде.
Семинар №2 в курсе "Алгоритмы и структуры данных, часть 2", весна 2018 (Новосибирск)
Преподаватели курса: Александр Александрович Стененко, Степан Юрьевич Гатилов
Автомат Ахо-Корасик. Обработка символа за O(1) в худшем случае. Предподсчёт переходов из каждой вершины бора по каждому символу. Вычисление в порядке обхода в ширину за O(С * sum Pi). X[v] - Множество найденных образцов при попадании в вершину бора v. Предподсчёт размеров |X[v]|. Общее время работы алгоритма Ахо-Корасик O(sum Pi + T) с выдачей вхождений в сжатом виде.
Семинар №2 в курсе "Алгоритмы и структуры данных, часть 2", весна 2018 (Новосибирск)
Преподаватели курса: Александр Александрович Стененко, Степан Юрьевич Гатилов
Семинар 2. Поиск тандемных повторов, Ахо-Корасик (Алгоритмы и структуры данных, часть 2, весна 2018)...
Алексей Шапкин «Поиск тандемных повторов и их визуализация в 'ручную'.»...
E. Коротков «Поиск промоторов, тандемных повторов, сдвигов рамки, выравнивание белковых семейств.»...
D4. Метод 'разделяй-и-властвуй' и его друзья (Илья Зылев)...
Семинар 2 Онлайн кассы ЖКХ ответы на вопросы
Семинар 2
Лекция 2. Суффиксное дерево
Алгоритм грубой силы для поиска подстрок
Миронов А. А. - Информатика - Автомат Ахо- Корасик
Алгоритмы (основной поток) 3. Алгоритм Ахо-Корасик
2. Алгоритм Ахо-Корасик
Лекция 2. Префикс-функция, поиск бора (Алгоритмы и структуры данных, часть 2)...
Алгоритмы, весна 2021, 2 курс, алгоритм Дюваля, автомат Ахо-Корасик...
Expo_Gen_D Поиск тандемов в ДНК полученной из NCBI
Алгоритмы и структуры данных 2. Алгоритм Ахо-Корасик
Авторский семинар по теме 'Задачи с параметром.Задачи теории вероятностей' для учителей ма...
Лекция 6. Цифровые боры: X-fast trie и Y-fast trie
Лекция 7. Приближённый поиск подстроки (Алгоритмы и структуры данных, часть 2)...
АиСД S03E11. Алгоритм Ахо-Корасик
С2. Алгоритм Ахо-Корасик(Максим Спорышев) NSK.
Семинар 1. Вводное занятие (Алгоритмы и структуры данных, часть 1)...
C2. Алгоритм Ахо-Корасик (Фарход Хакимиён) MSK
Строки. Параллель B'. 06.03.2021
Семинар: 'Руководитель административно-хозяйственной службы'...
Комментарии